In de broeikasgasbalans worden de broeikasgas(BKG)-emissies weergegeven, uitgedrukt in CO₂-equivalenten. De broeikasgasbalans is afhankelijk van vele factoren:

• De biomassa die van het land wordt verwijderd ten behoeve van biomassaproductie.
• In de bodem wordt veel koolstof opgeslagen in de vorm van humus / organische stof. Wanneer bossen worden gekapt of grasland wordt omgeploegd, vindt oxidatie plaats en veel organische stof ontsnapt in de vorm van CO₂. Dit effect kan zo sterk zijn, dat het tientallen jaren duurt voordat de opgelopen ‘schuld’ aan CO₂-emissies is ingelopen door het gebruik van biomassa die op deze grond worden geteeld.
• Effecten op de bovengrondse en ondergrondse opslag van koolstof, zoals hierboven beschreven, kunnen ook indirect optreden. Namelijk indien door de extra vraag naar biomassa elders een nieuwe plantage wordt aangelegd. Maar in geval van het gebruik van restfracties wordt er geen land gebruikt voor de biomassateelt, en speelt dit effect geen rol.
• Kunstmestgebruik heeft een belangrijke invloed. Zowel bij de productie van kunstmest als bij toepassing op het land (zeker bij grotere dosis) ontstaat het broeikasgas N₂O, wat de broeikasgasbalans negatief beïnvloedt.
• De verwerkingsmethode van ruwe grondstof tot eindproduct is van belang. Wordt bij de verwerking energie gebruikt uit  biomassa reststromen, bijvoorbeeld door verbranding of omzetting in biogas? Of komt de hiervoor benodigde energie van steenkool, die bij verbranding veel CO₂ uitstoot ?
• Voor de broeikasgasbalans is ook van belang wat er gebeurt met nevenproducten en reststromen. Wanneer, zoals bij de productie van biogas, een deel van de reststromen kan worden gebruikt om compost te maken welke vervolgens als meststof op het land kan worden gebracht, dan heeft dat een positief effect op de CO₂-balans. Die meststof of bodemverbeteraar zou namelijk anders op een kunstmatige en energie-intensieve manier gemaakt moeten worden. Dit effect wordt niet meegenomen in de berekeningen (daar dit zeer uitgebreide en complexe LCA berekeningen vergt) maar zal naderhand wel als aandachtpunt worden opgenomen in de bespreking van de resultaten.

Daarnaast is efficiënt omgaan met biomassa van belang. Dit komt niet terug in de CO₂-score, want deze scoort alleen negatief op gebruik van fossiele brandstoffen en niet positief op de efficiëntie van het gebruik van biomassa. Hiervoor is het belangrijk het primair energieverbruik zowel fossiel als hernieuwbaar) mee te nemen.

De Richtlijn Hernieuwbare Energie heeft in bijlage V de basis van de methode uiteengezet om deze broeikasgasemissies te berekenen. Deze methodiek wordt gehanteerd in de B-SAT tool. Hierbij worden alle stappen in de keten van de biomassa meegenomen. Indien gebruik gemaakt wordt van reststromen, zoals in het geval van de ECP cases, wordt enkel de keten beschouwd vanaf het punt van het ontstaan van de reststroom. De broeikasgassen die meegerekend worden zijn CO₂, CH₄ en N₂O. CH₄ en N₂O worden omgezet in CO₂- equivalenten door middel van IPCC gedefinieerde factoren, respectievelijk 23 en 296. Alle emissies worden opgeteld, en worden vervolgens vergeleken met de broeikasgasperformantie van de fossiele referentie. Deze referentieketen geeft aan hoeveel CO₂-emissies zouden vrijgekomen zijn in geval de geproduceerde energie/product en eventuele bijproducten met fossiele energie zouden zijn opgewekt. Het verschil in berekening van de broeikasgasbalans van fossiele en biomassaketens zit in het feit dat biogene emissies bij biomassa niet worden meegenomen. Deze CO₂-emissies worden later weer opgenomen door de biomassa en maken deel uit van de korte termijn gesloten kringloop.

De relatieve broeikasgasbesparing wordt berkend met volgende vergelijking:  (BKGfossiel – BKGbio) / BKGfossiel  (in %)

Deze indicator geeft de broeikasgasmitigatie weer van het ECP-systeem t.o.v. de fossiele referentie.

Wat de data betreft, worden deze uit de cases zelf verzameld, maar ook uit de B-SAT tool zelf die reeds standaardwaarden bevat uit o.a. de bijlagen van de RED, BioGrace en JRC databanken.