Het verschil of een biomassastroom als een monostroom (bv groen afval) of als een mengstroom (bv huishoudelijk afval) ter beschikking komt is vaak essentieel voor de verdere verwerkingsmogelijkheden en de daaraan vasthangende logistieke consequenties. Als een stroom als monostroom ter beschikking komt is het vaak interessant om deze zo lang mogelijk als monostroom te behouden, maar dat brengt soms ook extra kosten met zich mee.

De ontwikkeling van nieuwe bioraffinageconcepten (Annevelink & Harmsen, 2010), waarbij biomassa optimaal wordt opgedeeld en gebruikt voor verschillende gebruiksdoelen zal ertoe leiden dat biomassaketens steeds meer met elkaar verknoopt worden en door elkaar gaan lopen. Het is dus steeds moelijker te spreken van een zuivere voedingsketen, bioenergieketen of biobased keten. Dit heeft grote invloed op de logistiek van de biomassastromen; reststromen van een bepaald proces zullen steeds meer worden ingezet als input voor een vervolgproces. Indien dit vervolgproces zich op dezelfde locatie bevindt, zoals bij een ECP, zal een bedrijfsinterne logistieke routing worden ontworpen. Wanneer de reststroom echter op een andere locatie verwerkt moet gaan worden, dan is de opzet van een bedrijfsexterne logistieke keten noodzakelijk.

Classificatiesysteem van bioraffinage typen (Bron: IEA Taak 42 Bioraffinage).