Gegeven de hoge verwerkingskosten dient de behandeling en overslag van biomassa zo veel mogelijk beperkt te worden om zo te beletten dat de kostprijs onacceptabel stijgt. Toch kan de voorbewerking van biomassa in bepaalde gevallen wenselijk zijn. Het voorbewerken van biomassa kan als volgt geschieden: 

• mechanisch (verdichten, drogen, verkleinen)
• thermo-chemisch (torrefactie, pyrolyse, Hydro Thermal Upgrading - HTU)
• biochemisch (hydrolyse) geschieden

Voordelen van voorbewerking kunnen zijn: een hogere materiaaldichtheid, gunstige stromings- en doseringseigenschappen, een laag vochtgehalte, betere stabiliteit tijdens opslag, minder stof tijdens behandeling en standaardisatie van kwaliteit (Luguel et al., 2011). De hogere behandelingskosten zijn een nadeel.

Met verdichting kan een uniformer materiaal worden geproduceerd met gunstige fysische en mechanische eigenschappen.

Kwaliteitsmanagement van bederfelijke natte biomassa is belangrijk. Men kan biomassa drogen om het vochtgehalte te verlagen indien men de biomassa bv. wil verbranden of vergassen. Voor vergisting is dit niet noodzakelijk. Het vochtgehalte heeft invloed op de energie/efficiëntie, opslag en transport. Door te drogen kan biomassa over het algemeen ook beter voor langere tijd worden opgeslagen (zonder gevaar voor broei/composteren, ontbranding of schimmelvorming). Verder is het transport van gedroogde biomassa efficiënter, omdat relatief minder water wordt getransporteerd.

Door verkleinen kan het volume van het materiaal worden verlaagd ofwel de bulkdichtheid worden verhoogd. De handling en het transport worden vergemakkelijkt en de fysische eigenschappen worden aangepast (de verdeling van de deeltjesgrootte).

Torrefactie en pyrolyse kunnen de kwaliteit en stabiliteit van het ruwe materiaal verbeteren. Zo ontstaat bij torrefactie een vaste brandstof met een hogere energiedichtheid die effectiever kan worden getransporteerd dan de oorspronkelijke biomassa. Bij pyrolyse kan de pyrolyse-olie beter worden getransporteerd.