De opzet van bio-energie projecten is verschillend van de opzet van andere duurzame energieprojecten. Bio-energie is weliswaar duurzame energie en als zodanig vergelijkbaar met zonne- en windenergie. Bij zonne- en windenergie is de grondstof (zon en wind) echter gratis, terwijl deze bij bio-energie vaak een aanzienlijk deel van de operationele kosten vormt. Bio-energieprojecten zijn daarin meer te vergelijken met fossiele energieprojecten.

Aspecten die relevant zijn bij de opzet van bio-energieprojecten zijn:

1. De specifieke investeringskosten zijn in vergelijking met fossiele brandstofsystemen hoog. Zo kost een houtgestookte centrale in de orde grootte van € 3000 per kWe, tegen € 500 per kWe voor een aardgasgestookte motor/generator van dezelfde grootte.
    
2. De investeringen zijn vaak te groot voor een particulier of klein bedrijf om zelf te financieren, maar als project eigenlijk te klein voor een externe financier. Externe financiers kijken bij voorkeur uit naar projecten van enkele miljoenen euro omdat het opzetten van passende financieringsconstructies veel tijd met zich meebrengt.
    
3. Er zijn – in vergelijking met fossiele brandstoffen – een beperkt aantal bio-energieprojecten gerealiseerd in Nederland en België. Derhalve zijn er nog weinig statistische gegevens over de risico’s en financiële rendementen bekend. Er is verder nog relatief weinig ervaring bij financiers. Dit brengt over het algemeen extra voorzichtigheid van hun zijde met zich mee. Er zullen van de initiatiefnemers vaak extra zekerheden worden verlangd.
    
4. Rendabele exploitatie is in belangrijke mate afhankelijk van overheidssteun. Elektriciteit op basis van biomassa is duurder dan elektriciteit geproduceerd met fossiele brandstoffen. De Nederlandse en Belgische overheden bieden een aantal ondersteuningsinstrumenten aan voor bio-energieprojecten, in de vorm van exploitatiesubsidies en fiscale maatregelen. Hierbij dient de totale ondersteuning binnen het – in Europees verband afgesproken – milieusteunkader (MSK) te blijven. Ondersteuningsinstrumenten in Nederland zijn onder andere (a) directe subsidies zoals de SDE+, (b) fiscale instrumenten zoals de EIA en de MIA/VAMIL en (c) borgstellingen zoals de Borgstelling MKB Kredieten (BMKB) en de Garantie Ondernemingsfinanciering (GO).
    
5. Bio-energieapparatuur is geen breed toegepaste apparatuur, die ook voor andere doeleinden geschikt gemaakt zou kunnen worden. Vaak is slechts een klein deel vermarktbaar. Dit beperkt de mogelijkheden om als zekerheid te dienen.
    
6. Het financieel succes van het bio-energieproject is sterk afhankelijk van een aantal factoren die de initiatiefnemer vaak niet zelf in de hand heeft. Belangrijke elementen zijn de kosten van brandstoflevering, kosten van residuverwerking (as of digestaat) en opbrengsten uit verkoop van stroom of warmte. De initiatiefnemer kan het effect van deze risicofactoren slechts ten dele afdekken door goede langlopende contracten af te sluiten met toeleverancier(s) en afnemer(s).